ターミナルを起動して、srcに移動する。
cd src/ wget "http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip" --2014-04-04 11:36:17-- http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 216.34.181.60 sourceforge.net|216.34.181.60|:80 に接続しています... 接続しました。 HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found 場所: http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip/download [続く] --2014-04-04 11:36:17-- http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip/download sourceforge.net|216.34.181.60|:80 に接続しています... 接続しました。 HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found 場所: http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip?r=&ts=1396579000&use_mirror=jaist [続く] --2014-04-04 11:36:18-- http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip?r=&ts=1396579000&use_mirror=jaist downloads.sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 216.34.181.59 downloads.sourceforge.net|216.34.181.59|:80 に接続しています... 接続しました。 HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 302 Found 場所: http://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip [続く] --2014-04-04 11:36:18-- http://jaist.dl.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.1/bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip jaist.dl.sourceforge.net をDNSに問いあわせています... 150.65.7.130, 2001:df0:2ed:feed::feed jaist.dl.sourceforge.net|150.65.7.130|:80 に接続しています... 接続しました。 HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK 長さ: 26374304 (25M) [application/octet-stream] `bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip' に保存中 100%[======================================>] 26,374,304 2.43M/s 時間 10s 2014-04-04 11:36:29 (2.41 MB/s) - `bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip' へ保存完了 [26374304/26374304]次に解凍。zipなのでunzipを使う。 localに解凍する -dで解凍先を指定 ちなみにコマンドやファイル名はtabキーで補完されるので使うと便利
unzip bowtie2-2.2.1-linux-x86_64.zip -d ../local/解凍すると、bowtie2-2.2.1ディレクトリができる。先ほどのHPのPATHのところにBy adding your new Bowtie 2 directory to your PATH environment variable, you ensure that whenever you run bowtie2, bowtie2-build or bowtie2-inspect from the command line, you will get the version you just installed without having to specify the entire path. This is recommended for most users. To do this, follow your operating system's instructions for adding the directory to your PATH.と記述されているので適当にパスを通す。
export PATH=/home/kosugi/local/bowtie2-2.2.1:$PATHほんで、home ディレクトリに戻ってbowtie2 -hでusageがでるか確認
bowtie2 -h Bowtie 2 version 2.2.1 by Ben Langmead (langmea@cs.jhu.edu, www.cs.jhu.edu/~langmea) 以下Usage動いた！これで場所を選ばず実行できる。
再ログインしても良いようにパスを.bashrcに記述
vim .bashrcファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq
## bowtie2 export PATH=/home/kosugi/local/bowtie2-2.2.1:$PATH :$PATHを後ろに持ってくると今まで書かれたパスの前に記述という事らしい。念のため再ログインしてwhichでどのパスでプログラムが実行されている確認する。
which bowtie2 ~/local/bowtie2-2.2.1/bowtie2順調順調^^
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