FastQCのインストール

HPはここhttp://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

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FastQC v0.10.1 (Win/Linux zip file)をクリックしてしまうとそのままPCにダウンロードされるのでターミナルにリンク先をコピペする。ターミナルへのリンクのコピペはリンクをドラッグアンドドロップすればできる

ターミナルを起動して、srcに移動する。

cd src/
wget "http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip"
--2014-04-03 23:36:07--  http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.10.1.zip
www.bioinformatics.babraham.ac.uk をDNSに問いあわせています... 149.155.132.143
www.bioinformatics.babraham.ac.uk|149.155.132.143|:80 に接続しています... 接続しました。
HTTP による接続要求を送信しました、応答を待っています... 200 OK
長さ: 596632 (583K) [application/zip]
`fastqc_v0.10.1.zip' に保存中

100%[======================================>] 596,632      103K/s 時間 5.9s

2014-04-03 23:36:14 (99.2 KB/s) - `fastqc_v0.10.1.zip' へ保存完了 [596632/596632]

次に解凍。zipなのでunzipを使う。 localに解凍する -dで解凍先を指定 ちなみにコマンドやファイル名はtabキーで補完されるので使うと便利

unzip unzip fastqc_v0.10.1.zip ../local

解凍すると、FastQCディレクトリができるので移動してInstall.txtを見るとActually installing FastQC is as simple as unzipping the zip file it comes in into a suitable location. That's it. Once unzipped it's ready to go.fastqcとなっているのでそのまま使えるらしい。実際にやってみると実行権限が与えられていないのでfastqcファイルに実行権限を与える。与えたら-hでusageがでるか確認

cd FastQC/
chmod +x fastqc
fastqc -h

versionやoptionの説明がでればOK /home/kosugi/local/FastQCにパスを通す。

export PATH=/home/kosugi/local/FastQC:$PATH

ほんで、home ディレクトリに戻ってfastqc -hでうまくいくか確認

[kosugi@~]$ fastqc -h
FastQC - A high throughput sequence QC analysis tool~
〜以下usage〜

動いた！これで場所を選ばず実行できる。
再ログインしても良いようにパスを.bashrcに記述

vim .bashrc

ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

## FastQC
export PATH=/home/kosugi/local/FastQC:$PATH  :$PATHを後ろに持ってくると今まで書かれたパスの前に記述という事らしい。

念のため再ログインしてwhichでどのパスでプログラムが実行されている確認する。

which fastqc
~/local/FastQC/fastqc

とりあえず、これでいいのかな・・・