FASTX-Toolkitのインストール

ちょっと試していくうちにシーケンスリードをある一定基準でトリミングしたり、破棄したりするツールが必要だという事に気づいた。とりあえずFASTX-Toolkitというのが便利らしいのでダウンロードする。HPはここ。

Download & Installationをクリックする。

Fastx-toolkit version 0.0.13 requires libgtextutils-0.6 (available here for download)とかかれているのでlibgtextutilsも必要。とりあえず最新版であるlibgtextutils-0.7.tar.gzをまず先にインストールする。 ターミナルを開いて

cd src/
wget "https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2"

localに解凍する。

tar zxvf libgtextutils-0.7.tar.gz -C ../local/

ディレクトリを移動して、INSTALLファイルを見るとIt is recommended to use the following options: ./configure --prefix=/boot/common といった記述が有るので、./configureとコンパイル、インストールをする。

./configure --prefix=/home/kosugi/local/
make
make install

とすると/local/lib以下にlibgtextutils-0.7関連のファイルの存在が確認できる。これでいいのだろうか・・・ とりあえず、本題の最新のfastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2をダウンロードして、localに解凍する。

wget "https://github.com/agordon/fastx_toolkit/releases/download/0.0.14/fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2"
tar jxvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2 -C ../local/

localにできたディレクトリに移動して./configureとコンパイル、インストールをする。

./configure --prefix=/home/kosugi/local/

とすると

checking for GTEXTUTILS... configure: error: Package requirements (gtextutils) were not met:

No package 'gtextutils' found

Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix.

Alternatively, you may set the environment variables GTEXTUTILS_CFLAGS
and GTEXTUTILS_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.

と怒られる。どうやらさきほど出来た/home/kosugi/local/lib/にpkgconfigディレクトリがあるのでそれにPKG_CONFIG_PATHのパスを通せという事のようだ。 vimで.bashrcに記述。ファイルが開いたらiを押すと書き込める。以下を一番下に追記する。追記したらescキーを押して:wq

vim ~/.bashrc
export PKG_CONFIG_PATH=/home/kosugi/local/lib/pkgconfig/:$PKG_CONFIG_PATH

一度ターミナルを切って再接続して確認する。

echo $PKG_CONFIG_PATH
/home/kosugi/local/lib/pkgconfig/:

多分これでよいはず。fastx_toolkit-0.0.14ディレクトリにもどって

./configure --prefix=/home/kosugi/local/
make
make install

とすると、local/bin以下にたくさんのツールが有る事が確認できる。すでに、/home/kosugi/local/binにはパスが通っているので、たとえばホームディレクトリで

fastq_quality_trimmer -h
usage: fastq_quality_trimmer [-h] [-v] [-t N] [-l N] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE]
Part of FASTX Toolkit 0.0.14 by A. Gordon (assafgordon@gmail.com)
以下オプションの説明

無事インストールがすんだ。./configure時に特にprefixする必要が無い状況であれば大して困らないと思うがroot権限が無いような状況でもなんとかインストールできる事がわかった。